霍尔果斯经济开发区实行“一区四园”模式，重点发展化工、农产品深加工、生物制药、可再生能源、新能源、新材料、建材、进口资源加工、机械制造、商贸物流、旅游、文化及高新技术等产业。

其中，伊宁市重点建设区域性商贸物流中心和优势资源转化加工区。主要布局农副产品精深加工、生物化工与生物制药、机械装备制造、纺织服装、新能源、新材料等科技水平领先、附加值高、低能耗低排放无污染的环保型项目，兼有商贸物流、总部经济、科研培训、公共服务等功能。

霍尔果斯口岸重点建设中哈霍尔果斯国际边境合作中心中方中心区及配套区。它是中国与哈萨克斯坦等中亚国家开展经济、文化交流的国际大通道和桥头堡，融商贸旅游、进出口贸易和中转货物为一体，对外连接功能齐全、基础设施较完善，具有全天候进出口能力，并对第三国交通、运输、旅游、商贸全方位开放，是与独联体中亚五国及欧洲经济文化交流、扩大对外经济技术合作的窗口。主要进出口商品种类为畜产品、石油制品。

清水河配套产业园区重点建设农副产品深加工和出口机电产品配套组装加工基地。园区依托区位、资源、援疆三大优势，重点发展农副产品深加工、出口产品加工产业。园区已成为新疆承接东部沿海产业梯度转移的重要平台，已形成区域性面向中亚市场的农副产品深加工、轻工纺织、电子包装、机械建材和进出口产品加工区产业格局。

兵团园区因地制宜发展以高端装备制造、新材料、新能源为主的新兴产业，以总部经济、现代物流为主的生产性服务业，适当补充农产品加工业。先后引来了“中国醋王”恒顺、央企巨头中节能、中烨氢能源、天盛国际中心等重量级项目，总投资超百亿元。